《女校通缉令》讲述了警局里有名的倒霉兄弟“鼠标”和“键盘”，总是功劳没份，投诉成堆，两个人彼此看不顺眼，一心想着能换掉这个倒霉的搭档处长答应他们如果成功破获一次案子就考虑他们换搭档的请求，于是二人自告奋勇的来到一所贵族女校担任卧底去追查一起关于“面膜上瘾”的案件。在接头人Boos杨的支持下，两人虽然乌龙不断，但凭借女性装扮也得到不少便利，渐渐摸清线索，而与此同时，让两个倒霉兄弟惊讶的是，在这所学校内还隐藏了一起走私军火案，在卧底查案中，二人摒弃成见，开始认真追寻线索……