沈砚山作为沈家真少爷，自幼遭管家调换身份流落在外。认祖归宗后，他因医道天赋遭假少爷沈明轩嫉妒，被父母偏心对待、屡次诬陷，最终被污蔑为灾星丢弃乱葬岗。幸得隐世医仙相救，他潜心钻研医术丹道，化身“玄衣医仙”下山。他先解小镇瘟疫、揭穿庸医骗局，再于京城对抗沈家危机，揭露沈明轩买凶杀人、毒杀柳氏的罪行，牵扯出天医阁的惊天阴谋，逐步瓦解沈家内部矛盾，为自己正名复仇，最终以医术济世苍生