百年灵气复苏，人类依靠觉醒石碑与宝可梦缔结契约，训练家成为守护城市的核心力量。然而在青藤市第三中学的觉醒日上，平凡学生林越却遭遇颠覆性异变——当同龄人纷纷契约波波、小火龙等常规宝可梦时，他的意识被卷入混沌深渊，意外与克苏鲁神话中的外神犹格·索托斯建立共生契约。这份“错误”的觉醒让他掌握了诡异却致命的黑暗力量，却也使他陷入身份暴露的危机。