在第一季中，迷人而致命的尼基塔向她曾经的的组织发动了一场战争。尼基塔和迈克尔带着一个包含政府最黑暗秘密和阴谋的硬盘正在逃亡，他们密谋利用他们手上获得的信息搞垮组织。与此同时，艾利克斯正和"组织"合作一起追踪尼基塔和黑盒，以找到杀害她家人的凶手谢尔盖·谢马克。而阿曼达现在掌管着"组织"，并将珀西关押在"组织"之下。