在本季的首集中，Bozer 从医院中出院，而Mac和Jack正在试图找到Murdoc和Mac的父亲，但都没有成功，不过，Mac确实找到了他父亲的旧手表。中央情报局特工Samantha Cage请求凤凰基金会帮助执行一项计划外任务，以找回一名在过去两年里被绑架的海豹突击队军官。他们救出了这名军官，但由于Cage违反了政策，她被美国中央情报局开除了。任务结束后，Mac在父亲的手表中发现了一张自己的照片，拍摄于他父亲离开的那天。