故事始于现代三甲医院主治医师林清源意外穿越，成为青溪村声名狼藉的村医。他获得“医者仁心系统”辅助，以现代医学知识结合传统针灸技艺，先治愈患植物神经功能紊乱的村长之女苏婉晴，再救下肺痨缠身的孤女陈雨柔。面对突发时疫与致命鼠疫，他带领村民隔离防疫、研制药物，凭借系统与自身医术化解危机。期间，苏婉晴与陈雨柔拜师学医，携手成长。最终，林清源拒绝入京为官，在青溪村建立济世医学院，将医术传承四方。