宝可梦是一种不可思议的生物，它们与我们共同生活在同一个星球上。宝可梦的生活习性各不相同，既有与人类共同生活的宝可梦，也有生活在草丛、天空、以及在水里的野生宝可梦。住在关都地区的皮丘原本形单影只，自从它遇见了袋兽母子，便与他们一起共同生活，并最终进化成了皮卡丘。 几年后，生活在真新镇的10岁少年小智与皮卡丘受到了大木博士的邀请，一同去参加枯叶市樱木研究所的落成典礼。典礼上，小智追逐着幻之宝可梦洛奇亚。并在此的过程中，遇到了小豪相遇。小智的目标是与最强王者丹帝对战，小豪的梦想则是收服所有宝可梦。二人以樱木研究所特别调查员的身份出发，在不同地区展开调查，邂逅了各种各样不可思议的宝可梦，还在旅途中收服了新的搭档。