《熊出没之怪兽计划》延续《熊出没》系列环保、自然、健康、快乐的主题理念，内容制作全新升级，融入创新趣味的科技元素，在讲述熊大、熊二、光头强为了使森林重归和平安宁，与携着“怪兽计划”卷土重来的反派高智商科学博士天才威和助手洞洞幺不断斗智斗勇的惊险有趣故事的同时，向观众传达及倡导探险与成长、友情与团结、热爱自然、保护动物等正能量精神。 故事从天才威在抓捕团子失败以后，意外在坠落的陨石中发现了一颗拥有巨大能量的能量石开始。通过研究实验，天才威发现能量石具有提取和储存动物能力的作用，于是萌生出启动“伟大的怪兽计划”的惊人想法——集齐自然界最优秀的动物能力和品质，创造出一只称霸海陆空的无敌怪兽，以震惊科学界。为了采集动物们的能力，天才威制造出外形逼真的各式采集器迷惑动物们，夺取能力。为了森林的和谐安宁，光头强、熊大、熊二联合小动物们一起对抗天才威和洞洞幺，由此上演了或逗趣或危机重重的能力争夺战。