第三季故事紧密承接前两季。在赶走黑沙后，北京地区的水文环境越来越好，很多运河沿岸的景点也游人如织。凌雨菲作为义务宣讲员讲解着运河的历史。没想到黑沙竟然隐藏在一瓶矿泉水中，趁雨菲喝水时进入了她的意识。导致雨菲陷入沉睡，任凭运河精灵和玉象怎么呼唤都无法唤醒她。黑沙化作妖兽，编织了六重梦境，盘踞在雨菲梦中，玉象带着运河精灵们进入雨菲的梦境，一边试图唤醒雨菲一边对付黑沙，他们在幻境中历经了冒险和考验，最终共同结束了这场噩梦。