忍者学徒服部勘三郎离开家乡伊贺，前往江户接受最后的训练。他遇到的第一个人将成为他的师父，他必须以生命相护，同时遵守忍者信条。在江户期间，服部勘三郎还必须查明为何他们的对手甲贺忍者蒸蒸日上，而伊贺忍者却日渐势微。 他的师父是九岁的男孩健一。健一性格内向，不太受欢迎，从不和学校里的其他孩子一起玩。健一还暗恋着一位名叫美智子的年轻女士，但他太害羞了，不敢跟她说话。不过，看着服部勘三郎竭尽全力，他也开始尝试。 与此同时，人们被发现昏迷不醒，身上没有任何伤痕。所有受害者都有一个纹身——甲贺忍者的徽章，身旁还有一把飞刀。