该剧的主题是外星人，特异功能以及种种科学不能解释的超自然现象。联邦调查局探员mulder因妹妹在8岁时的遭外星人人绑架失踪，从此对外星人以及种种超自然现象的存在深信不疑。而他的搭档scully探员对怪诞现象心存怀疑，她认为没有科学不能解释的东西，只是你还没有找到相应的方法而已。这对各持己见的搭档不断历险，不但要和似有似无的外星人，怪物，杀人狂魔周旋，还得对付政府部门的黑手。