《新百战天龙》第四季的故事开始于凤凰基金会解散18个月后，我们的英雄们也被剥夺了高级别权限。前军情六处特工Russ Taylor招募了凤凰基金会的前成员 Mac、Riley、Bozer、Matty和Desi去寻找一个可能用于对美国主要城市进行毁灭性袭击的生物武器。负责这件武器的Martin Bishop透露了一个神秘组织，该组织正在策划多起灾难，以引起世界领导人的注意。